目前普遍认为应该对胆汁反流引起的症状和相关疾病如胃炎、胃食管反流等进行综合治疗。重点是中和胆汁，保护胃和食管黏膜，增强胃动力，促进反流胆汁的排空，减少对黏膜的损害。
1、中和胆汁的药物
(1)铝碳酸镁
具有迅速中和胃酸、可逆性吸附和结合胃蛋白酶并直接抑制其活性、持续性结合胆汁酸的多重作用，对胃和食管黏膜具有较强的保护作用。
药物含有的铝离子可以结合大量的内源性表皮生长因子，促进消化道黏膜的修复是治疗胆汁反流性胃炎和反流性食管疾病的基础用药。
患者服用铝碳酸镁500-1000mg，每日3次，疗程4~6周，除了能明显减轻和缓解患者腹痛腹胀、呕吐胆汁等症状外，胃内24小时胆汁检测发现胃内胆汁较治疗前下降95.3%。
相关的复合制剂，如海藻酸一氢氧化铝一三硅酸镁对反流的胆汁有吸附作用，可用于治疗胆汁反流性胃炎，每次3~6片，每日3次；
铝镁加每次1g，每日4次，可用于治疗伴有胆汁反流的食管炎、胃炎、食管裂孔疝和功能性消化不良等。
(2)熊去氧胆酸
是一种可在肝脏合成的内源性胆汁酸，亲水性较高，人体内含量极少，服用该药物后，可改变胆汁的组成，提高反流胆汁液中亲水性胆汁酸的浓度，拮抗疏水性胆汁酸的细胞毒性，对减轻胆汁对胃和食管黏膜的损害，以及改善临床症状起重要作用。
每日口服300~1000mg，可迅速缓解或减轻症状，反流胆汁液中对食管和胃黏膜有损伤的胆酸、脱氧胆酸也显著下降。
(3)消胆胺脂
是一种阴离子交换树脂，不溶于水，所含氯离子与胆汁酸鳌合，促进胆汁酸排出体外。
其与胆汁不可逆地结合，经粪便排出体外，阻断了胆汁酸的肠肝循环，长期应用影响营养物质的吸收，适合于胃内重度胆汁反流患者的短期治疗，每次口服4g，每日3次。
2.胃黏膜保护剂
(1)硫糖铝
能吸附胃蛋白酶和胆盐，并抑制其活性，有利于黏膜再生和糜烂愈合，减轻胃反流液中氢离子对胃黏膜的损伤，但中和胃酸的作用弱于铝碳酸镁，缓解胆汁反流性胃炎的疗效次于铝碳酸镁。
硫糖铝用量为每次1g，每日3~4次。一般在临床对症治疗中应用，不作长期使用。
(2)其他的胃黏膜保护剂
如替普瑞酮，每次50mg，每日3次；吉法酯，每次1~2片，每日3次；瑞巴派特，每次100mg，每日3次；依卡倍特钠，每次1袋，每日2次；L-谷氨酰胺呱仑酸钠颗粒(商品名为麦滋林)，常用剂量为每次0.67g，每日3次。
对于由反流胆汁造成的胃和食管黏膜炎性反应、糜烂和溃疡，以上胃黏膜保护剂具有促进黏膜修复和愈合，改善临床症状的作用。
3、抑制胃酸的药物
由于质子泵抑制剂抑制胃酸分泌的有效性，目前临床上都采用其治疗，根据临床主诉、食管pH值和胃液测定而选用不同的质子泵抑制药物治疗，包括奥美拉唑、兰索拉唑、雷贝拉唑、泮托拉唑和埃索美拉唑等。
该类药物抑酸作用强而持久，一般情况下使用常规剂量，每日1次口服；如伴有明显反酸或食管反流、胸骨后灼痛者，可根据病情或症状严重程度增加剂量。
质子泵抑制剂治疗后明显改善或缓解者，可适当减少剂量或换用组织胺H2受体阻滞剂如法莫替丁等进行维持治疗。
4、促动力药物
胆汁等十二指肠液反流入胃甚至食管，必然存在幽门、贲门关闭不全现象，应用促胃动力药物如莫沙必利、伊托必利、马来酸曲美布汀和多潘立酮等均可改善症状，并可防止或减少胆汁反流。
其中莫沙必利具有明显的促胃肠道动力作用，可提高进食后胃的调节反射，充分促进胃十二指肠的协同运动。
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